Phó tế Phêrô Nguyễn Văn Đệ, sau nhiều năm tu tập tại nhiều nơi theo quy định của Giáo luật, tiến đến việc được thụ phong linh mục vào ngày 17 tháng 12 năm 1973. Sau khi thụ phong chức vụ linh mục, vị linh mục trẻ tuổi Nguyễn Văn Đệ trở thành linh mục giáo sư Nhà tập Dòng Don Bosco (1976–1979). Sau đó, ông trở thành linh mục Chánh xứ giáo xứ Xuân Hiệp, quận Thủ Ðức thuộc Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh (1979–1991). Từ năm 1991, ông đảm nhiệm vai trò Bề Trên Giám tỉnh Dòng Salesien Việt Nam và giữ chức vụ này cho đến năm 1997.[4]

Từ năm 1997 đến năm 2000, ông đảm nhận chức vụ Giám đốc Học viện Thần học Salesien Don Bosco. Sau đó, linh mục Đệ đóng vai trò là Giáo sư Ðại chủng viện Hà Nội.[4]